Die ersten Interdisziplinären Zentren (IZ) wurden 2001 als fächerübergreifende, projektorientierte Forschungsverbünde innerhalb der Freien Universität Berlin gegründet. Die Freie Universität verfügt derzeit über neun Interdisziplinäre Zentren. Sie tragen zur Schärfung des Forschungsprofils bei und intensivieren interdisziplinären Austausch und Zusammenarbeit. Auch außeruniversitäre Einrichtungen sind in den Interdisziplinären Zentren vertreten. Diese spezielle wissenschaftliche Struktur ermöglicht einen über die jeweiligen Fachgrenzen hinausgehenden Dialog und legt mit dieser produktiven Zusammenarbeit die Basis für neue und wesentliche Forschungsergebnisse. Diese sollen unter anderem durch öffentliche Vorträge und Ausstellungen, aber auch durch Publikationen, einem breiten Publikum präsentiert werden.

• Interdisziplinäres Zentrum "Alte Welt"
• Interdisziplinäres Zentrum "Bausteine zu einer Gesellschaftsgeschichte des Vorderen Orients"
• Interdisziplinäres Zentrum "Mittelalter - Renaissance - Frühe Neuzeit" (Beteiligung)
• Interdisziplinäres Zentrum "Historische Anthropologie" (Beteiligung)
• Interdisziplinäres Zentrum "Zentrum Jüdische Studien Berlin-Brandenburg" (Beteiligung)