Das Kunsthistorische Institut gehört zum Kern der Neugründung einer Freien Universität im Westteil Berlins 1948. Am Anfang stand Edwin Redslob (1848-1973), der als Reichskunstwart der Weimarer Republik nach Hitlers Machtergreifung rasch in Ungnade gefallen war und nach 1945 im Westteil der Stadt als Gründer des Tagespiegels eine führende Rolle spielte. 1949 wurde er Rektor der jungen Universität, nachdem er schon zuvor häufig die Geschäfte für den schwer kranken Gründungsrektor Friedrich Meinecke geführt hatte. Das von Redslob entworfene Emblem der Freien Universität "Veritas, Iustitia, Libertas" (Wahrheit, Gerechtigkeit, Freiheit), erinnert bis heute an ihren bedeutenden zweiten Rektor, der durch sein großes persönliches Engagement und seine integre Person auch die Finanzierung der Universität in ihrer Gründungsphase sicherte und damit die Grundlage für ihren Erfolg schuf. 1950 besuchte er als erster deutscher Universitätsrektor nach den Zweiten Weltkrieg auf Einladung von Präsident der General Dwight D. Eisenhower die USA und die amerikanischen Universitäten. Nach Redslobs Besuch beschloss der Studentenrat der Columbia-Universität die Hälfte der für den Fonds des Weltstudentendienstes aufgebrachten Mittel ausschließlich der FU zu widmen.

Im Laufe der folgenden Jahrzehnte entwickelte sich das Kunsthistorische Institut der Freien Universität zu einer akademischen Ausbildungsstätte, die für die deutsche und die internationale Kunstgeschichte  heute wieder eine ähnlich große Bedeutung erlangt hat, wie sie das Institut der Friedrich-Wilhelms-Universität vor dem Krieg besessen hatte.

Mit Hans Kauffmann berief man 1957 zunächst einen der führenden im Lande gebliebenen Kunsthistoriker, der dennoch durch seine Zugehörigkeit zur Gruppe um Hofstede de Groot in gewisser Hinsicht an die große Tradition vor 1933 anknüpfen konnte. Kauffmanns bedeutende Monographien über Donatello und Bernini entstanden in Berlin. Mit Otto von Simson wurde 1964 einer der prominentesten Emigranten berufen, der nach Tätigkeit als Professor in Chicago die Bundesrepublik seit 1957 bei der Unesco erfolgreich vertreten hatte. 1968 wurde mit Heinrich Thelen ein Spezialist für den italienischen Barock berufen. 1969 kam mit Tilmann Buddensieg eine weitere Professur hinzu. Aus den spannungsreichen späten 60er Jahren ging eine große Anzahl von bemerkenswerten Absolventen des Instituts hervor, die damals wegen ihres Protestpotentials gefürchtet waren und heute an vielen Orten des In- und Auslands das Fach mit prägen. Sie haben in Berlin zumindest als Tutoren oder Assistenten gewirkt. In der Folge konnte sich das Institut beträchtlich vergrößern. Um 1980 wurden mit Thomas Gaehtgens (1980) und Reiner Haussherr (1981) zwei auf Frankreich ausgerichtete Gelehrte berufen. Unter ihrer Ägide gelang es, die Zahl der Professuren erheblich zu steigern, so dass das Institut in den 90er Jahren mit sieben Lebenszeit-Professoren und einer großen Anzahl von Honorarprofessoren und Assistenten zu den größten der Bundesrepublik gehörte. Besondere Aufmerksamkeit galt dabei auch den internationalen Beziehungen: Engste Verbindungen bestanden und bestehen zur Bibliotheca Hertziana in Rom und zum Deutschen Kunsthistorischen Institut in Florenz; von Berlin aus gründete Thomas Gaehtgens das Pariser Forum für Kunstgeschichte in enger Kooperation mit dem Kunsthistorischen Institut der Freien Universität. 2006 wurde er feierlich verabschiedet. Von 1985 – 1999 lehrte Hellmut Lorenz Architekturgeschichte. Durch Rudolf Preimesberger entwickelte sich das Institut ab 1989 zu einem Zentrum der Italienforschung für Kunst und Kunsttheorie der frühen Neuzeit. Er schied 2001 aus dem Amt. Harold Hammer-Schenk hatte von 1989 bis 2009 den Lehrstuhl für Architektur inne. Seit 1987 bis zu seiner Emeritierung 2010 hat das Institut ganz entscheidend Werner Busch geprägt.

Seit 1999 bietet das Kunsthistorische Institut der Freien Universität durch die großzügige Unterstützung der Gerda-Henkel-Stiftung einen Studiengang für ostasiatische Kunstgeschichte an. Die Alfried Krupp von Bohlen und Halbach-Stiftung ermöglichte 2010 die Neueinrichtung der Abteilung Kunst Afrikas. 

Zur Zeit verfügt das Institut über 10 hauptamtliche Professorinnen und Professoren. Zusammen mit einer großen Anzahl von Juniorprofessorinnen und Juniorprofessoren, Honorarprofessorinnen und Honorarprofessoren und wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern vertreten sie das Fach in einer sonst im deutschsprachigen Raum nicht gewohnten Breite und Methodenvielfalt. Unter dem Navigationspunkt „Mitarbeiter“ finden Sie Informationen zu ihren aktuellen Schwerpunkten in Forschung und Lehre.