Van Rookhuijzen studierte Klassische Sprachen und Kultur (BA, Radboud University, cum laude), Klassische Archäologie (MSt, Oxford,), Europapolitik (MA, Collège d'Europe) und Indogermanistik (MA, Leiden). Er hat an Feldforschungsprojekten in Griechenland teilgenommen (Halos mit den Universitäten von Groningen und Amsterdam; Thorikos mit den Universitäten von Utrecht und Gent) und an dem neuen Altgriechisch-Niederländisch-Wörterbuch mitgearbeitet. 

Van Rookhuijzen's aktuelle Forschung (im Rahmen eines VENI-Stipendium, 2019-2022) befasst sich mit der Symbolik, Archäologie und Rezeptionsgeschichte der Akropolis in Athen, insbesondere die des "Parthenon" und seiner Vorgänger, sowie des Tempels von Athena Polias (fälschlicherweise als "Erechtheion" bekannt). Er möchte die Rolle, die diese Denkmäler bei der Herausbildung der griechischen, europäischen und westlichen Identitäten spielten, beleuchten, sowie Geschichten über Aktivitäten (z. B. Zerstörung und Entweihung) von Feinden aus dem Osten (z. B. Perser und Türken), die in den Diskurs eingebettet sind, entwirren. Seine Forschung zielt darauf, die Rolle solcher Geschichten in einer überprüften Architekturgeschichte und topografischen Rekonstruktion der Akropolis-Tempel zu verfolgen, um so besser zu verstehen, wie das “Westen”  und das “Osten” definiert und charakterisiert wurden.

• J.Z. van Rookhuijzen (2020), “The Parthenon Treasury on the Athenian Acropolis”. American Journal of Archaeology 124.1, 3–35.

• J.Z. van Rookhuijzen (2018), Herodotus and the topography of Xerxes’ invasion. Place and memory in Greece and Anatolia. Berlin: De Gruyter.

• J.Z. van Rookhuijzen (2017), “Die delphische „Rolling Stones“ und die imaginäre persische Belagerung von 480 v.Chr.” In: Fabrizi, Virginia (ed.), The Semantics of Space in Greek and Roman Narratives. Heidelberg: Propylaeum, 55-68.

• J.Z. van Rookhuijzen (2017), “Where Aglauros Once Fell Down: The Memory Landscape of the Persian Siege of the Acropolis”. In: Elena Franchi & Giorgia Proietti (eds.), Conflict in communities. Forward-looking Memories in Classical Athens. Trento: Università degli Studi di Trento, 27-68. 

• T.M. Dijkstra, J.Z. van Rookhuijzen & S.M. Kamphorst (2017) “Investigating ancient Halos: Marking forty years of archaeological research on a city in Thessaly”. Babesch 92, 145-158. 

• J.Z. van Rookhuijzen (2017) “Thetis in the Ovens: A reconsideration of Herodotus’ topography of Magnesia”. The Journal of Hellenic Studies 137, 24-41.

• J.Z. van Rookhuijzen (2017), “How not to appease Athena: A reconsideration of Xerxes’ purported visit to the Troad (Hdt. 7.42-43)”, Klio 99 (2), 464-484.

• J.Z. van Rookhuijzen (2017), “Lost in Cappadocia: A reconsideration of Xerxes’ visit to Kritalla (Hdt. 7.26)”, Mnemosyne 70 (2), 281-289.