Marius Hoppe schloss sein Studium der Altertumswissenschaften an der Freien Universität Berlin mit dem Masterstudiengang zur Geschichte und Kulturen Altvorderasiens ab. Seine 2012 entstandene Abschlussarbeit mit „Untersuchungen zur mittelassyrischen Quittung“ setzt sich mit frühen Verwaltungs- und Notationssystemen auseinander.

Mit seiner Dissertation mit dem Titel "Texte zur Behandlung von Impotenz" (betreut von Prof. Dr. Markham Geller, PI BabMed und Prof. Dr. Volker Hess, Leiter des Institutes für Geschichte und Ethik der Medizin an der Charité Berlin) wurde Marius Hoppe im Mai 2017 erfolgreich an der FU Berlin promoviert.